NCBI拥有多个数据库,主要包括GenBank、PubMed、BLAST、Protein、Nucleotide、Gene、OMIM、GEO等。每个数据库的功能都各具特色,共同为生物医学研究提供了强大的支持和数据资源。 GenBank数据库是一个庞大的公共遗传序列数据库,用户可以搜索、下载和分析各类生物的遗传序列数据。例如,科研人员可以在这里查找某个物种的基因序...
1.GenBank与RefSeq GenBank是NIH遗传序列数据库,集成了所有公开可获得的已注释DNA序列。GenBank收录的核酸序列数据根据其不同的研究属性,分属于Nucleotide、GSS和EST三个子库(可从NCBI主页下拉菜单中登录和查询)。Nucleotide收录绝大多数常规的核酸序列;GSS(Genon ne Survey Sequence)收录测序起始阶段用来进行序列或...
对于Standard database的介绍就到这里,NCBI中还有一类特殊比对工具,这里主要介绍Primer-BLAST比对工具中的各Database的区别。 1、 nr(Nucleotide collection) Database描述:包含了除EST,STS,GSS,WGS,TSA,patent,HTGS以及长度超过100Mb序列以外的包含在GenBank,EMBL,DDBJ,PDB,RefSeq中的所有序列。 2、Refseq mRNA Datab...
美国国家生物技术信息中心负责GenBank DNA 序列数据库在1992年10月。美国国家生物技术信息中心职工有着良好的训练在分子生物领域构造数据库为序列被独立实验室提供的,国际核苷酸(nucleotide)序列数据库,欧洲分子生物实验室(European Molecular Biology Laboratory (EMBL)),日本DNA数据库(DNA Database of Japan (DDBJ))提供...
NR库相当于一个以核酸序列为基础的交叉索引,将核酸数据和蛋白数据联系起来。NT(Nucleotide Sequence Database),核酸序列数据库,是NR库的子集。 NR和NT库都可以通过NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国立生物技术信息中心)进行在线BLAST,也可以在ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db地址中将数据直接...
美国国家生物技术信息中心负责GenBank DNA 序列数据库在 1992年10月。美国国家生物技术信息中心职工有着良好的训练在分子生物领域构造数据库为序列被独立实验室提供的,国际核苷酸(nucleotide)序列数据库,欧洲分子生物实验室(European Molecular Biology Laboratory (EMBL)),日本DNA数据库(DNA Database of Japan (DDBJ))提...
NR库相当于一个以核酸序列为基础的交叉索引,将核酸数据和蛋白数据联系起来。NT(Nucleotide Sequence Database),核酸序列数据库,是NR库的子集。 NR和NT库都可以通过NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国立生物技术信息中心)进行在线BLAST,也可以在ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db地址中将数据直接...
· 序列的集合(Nucleotide):核苷酸数据库是来自几个来源的序列集合,包括美国国立卫生研究所遗传序列数据库(GenBank(NIH genetic sequence database)),国家生物信息中心参考序列数据库(RefSeq(NCBI Reference Sequence Database)),第三方标注序列数据库(TPA(Third Party Annotation Sequence))和蛋白质数据银行(PDB(Protein...
Genbank与RefSeq:Genbank(基因银行)含有所有公开的已注释DNA序列,与EMBL[3]和DDBJ[4]并称世界三大生物序列信息数据库,三者组成了INSDC[5],并且三个数据库的数据可进行交换与共享。GeneBank包括Nucleotide等子数据库。但是GeneBank由用户提交的数据构成,具有较高的冗余度和差错率,为了更好的实现查询,NCBI在GeneBank基础...
NIH基因序列数据库,是所有公开可用DNA序列的注释集合。NCBI的GenBank数据库和日本DNA数据库(DDBJ),欧洲分子生物学实验室(EMBL)每天交换数据,保证数据实时跟新。 GenBank由几个部分组成,大部分序列可以通过Nucleotide数据库访问。 例外的是EST和GSS分区,分别通过Nucleotide EST和Nucleotide GSS数据库访问。