curl ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Saccharomyces_cerevisiae/CHR_X/NC_001142.gbk \|perlGenbank_to_gff3.pl-noCDS-instdin-out stdout \Options:--noinfer-r don't infer exon/mRNA subfeatures--conf-i path to the curation configuration file thatcontainsuser preferencesforGenbankentries(must beYA...
perl Genbank_to_gff3.pl*gbk.gz # process datafromURL,withChadoGFFmodel(-noCDS),and pipe to database loader curl ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Saccharomyces_cerevisiae/CHR_X/NC_001142.gbk \|perl Genbank_to_gff3.pl-noCDS-instdin-out stdout \Options:--noinfer-r don't infer exon/m...
需要准备的文件包括叶绿体基因组fasta文件和注释文件,注释文件要求的格式为.tbl,按照常理应该会有已经造好的轮子来利用常规的注释文件(比如genbank格式,或者gff3格式)来生成.tbl文件,可是自己找了将近两天的时间竟然没有找到(找到了一些python脚本或者小软件,但是都没有运行成功;同时也找到了NCBI提供的小软件table2asn_...
需要准备的文件包括叶绿体基因组fasta文件和注释文件,注释文件要求的格式为.tbl,按照常理应该会有已经造好的轮子来利用常规的注释文件(比如genbank格式,或者gff3格式)来生成.tbl文件,可是自己找了将近两天的时间竟然没有找到(找到了一些python脚本或者小软件,但是都没有运行成功;同时也找到了NCBI提供的小软件table2asn_...
这个学期一直在看和叶绿体基因组相关的文章,目前学习到向NCBI提交完整的叶绿体基因组序列,需要准备的文件包括叶绿体基因组fasta文件和注释文件,注释文件要求的格式为.tbl,按照常理应该会有已经造好的轮子来利用常规的注释文件(比如genbank格式,或者gff3格式)来生成.tbl文件,可是自己找了将近两天的时间竟然没有找到(找到...