BLAST (Basic Local Alignment Search Tool):用于序列相似性搜索的工具。 ORFFinder:开放阅读框寻找器。 Sequin:用于序列数据提交的工具。 BankIt:基于Web的提交工具。 3.2 UCSC Genome Browser 由加州大学圣克鲁斯分校(UCSC)开发和维护的一个强大的基因组学工具,它提供了包括人类、小鼠和大鼠等多个物种的基因组草图 ...
分析工具:NCBI提供了多种生物信息学分析工具,包括: BLAST (Basic Local Alignment Search Tool):用于序列相似性搜索的工具。 ORFFinder:开放阅读框寻找器。 Sequin:用于序列数据提交的工具。 BankIt:基于Web的提交工具。 3.2 UCSC Genome Browser 由加州大学圣克鲁斯分校(UCSC)开发和维护的一个强大的基因组学工具,它...
一Nr数据库 non-redundant protein sequence database with entries from GenPept, Swissprot, PIR, PDF, PDB,and NCBI RefSeq nr库:nucleotide sequence database, with entries from all traditional divisions of GenBank, EMBL, and DDBJ excluding bulk divisions (gss, sts, pat, est, and htg divisions. w...
把你的序列核酸(氨基酸)序列,用BLAST的方法搜索,如果是核酸序列就用BLAST n ,氨基酸序列就用BLAST p,比对后与你输入的序列相似性为100%的就是你要找的序列,同时也有你要的序列号。具体操作:在NCBI首页上第二排链接里点BLAST,进入BLAST页面,选择BLAST n或BLAST p,输入你的序列,点BLAST,找...
Structure数据库是由蛋白质三维结构数据库PDB(the Protein Data Bank))衍生而来的大分子模建数据库,提供蛋白质三维结构信息及相关的可视化和结构比对工具。7.Epigenomics是一个表观基因组数据查询和浏览相结合的数据库。提供DNA甲基化、组蛋白修饰等表观遗传学数据集下载,基因序列、表观遗传状态的定位比较和可视化等...
UniProt是Universal Protein的英文缩写,是信息最丰富、资源最广的蛋白质数据库。它由整合Swiss-Prot、 TrEMBL 和 PIR-PSD 三大数据库的数据而成。它的数据主要来自于基因组测序项目完成后,后续获得的蛋白质序列。它包含了大量来自文献的蛋白质的生物功能的信息。 UniProt包含3个部分: (1)UniProt Knowledgebase(UniProt...
protein_id= 蛋白质的检索号 /isolation_sou-rce= 描述序列来源物种的生理、环境和地理信息 /proviral 整合在基因组中的前病毒 /label= 序列特性的俗名 /rearranged 如果序列是DNA并来源于免疫球蛋白家族,则表示该序列来源于重排DNA GenBank数据库检索及其应用 ——Entrez检索功能 NCBI网站网址: 简介 检索入口 基本...
库中存在的每条已知序列是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。2.blastp (protein blast)是蛋白序列到蛋白库中的一种查 30、询。库中存在的每条已知序列将是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知...
用户可以通过文本查询数据库,可以利用BLAST程序搜索数据库,也可以直接通过FTP 下载数据。 蛋白质分析数据库(uniprot):对uniprot蛋白数据库,包括其数据和序列格式,检索工具以及一些免费工具做出详细的介绍。 简单的说,GenBank是核苷酸数据库,RefSeq是基因数据库,UniProt是蛋白质数据库。他们之间无疑有着很深的联系,但区别...
其页面上的简单检索界面提供19种相关检索选项,分别是:PubMed、Protein( 蛋白质)、Nucleotide( 核苷)、Structure(结构)、Genome(基因组)、PMC、LocusLink、PopSet、OMIM、Taxonomy(分类学)、Books(图书)、ProbeSet、3D Domains(三维区域)、UniSTS、Domains、SNP、Journals(期刊)、UniGene、NCBI ...